Raw data

Rangos de distribución spp (IUCN + BirdLife)

Hasta el momento tengo todos los datos de IUCN de vertebrados excepto aves que viene de BirdLife. Seleccioné rangos que se intersectan con el polígono de Colombia

IUCN

Hasta el momento tengo todos los datos de IUCN de vertebrados excepto aves que viene de BirdLife.Estos son los datos que descargué:

Main Dataset Specific Group(s) Description and Species lists Download
Mammals Species from the class Mammalia. Mammals found within freshwater systems, marine and terrestrial habitats. polygon 1.06GB
Amphibians Species from the class Amphibia. Species from the orders Anura (Tailless), Caudata (Tailed) & Gymnophiona (Caecilian). polygon 1.03GB
Reptiles Species from the class Reptilia Species from the order Crocodylia (Crocodiles and Alligators), Squamata (Scaled Reptiles) & Turtles (Testudines). polygon 1.36GB
Fishes Angelfishes Species from the family Pomacanthidae. polygon <100MB
Fishes Blennies Species from the family Blenniidae. polygon 290MB
Fishes Bonefishes and Tarpons Species from the families Albulidae, Elopidae and Megalopidae. polygon <50MB
Fishes Butterflyfishes Species from the family Chaetodontidae. polygon <250MB
Fishes Chondrichthyes (sharks, rays and chimaeras) Species from the class Chondrichthyes. polygon 439MB
Fishes Clupeiformes Species from the order Clupeiformes. polygon <250MB
Fishes Groupers Species from the family Epinephelidae. polygon 281MB
Fishes Hagfishes Species from the class Myxini. polygon <10MB
Fishes Pufferfishes Species from the family Tetraodontidae. polygon <250MB
Fishes Seabreams, Porgies and Picarels Species from the families Sparidae and Centracanthidae. polygon <100MB
Fishes Surgeonfishes, Tangs and Unicornfishes Species from the family Acanthuridae. polygon <250MB
Fishes Syngnathiform fishes (Seahorses & Pipefishes, Ghost Pipefishes, Shrimpfishes, Trumpetfishes, Cornetfishes) Species from the families Syngnathidae, Aulostomidae, Centriscidae, Fistulariidae and Solenostomidae. polygon <250MB
Fishes Tunas and Billfishes Species from the family Istiophoridae, Scombridae and Xiphiidae. polygon <250MB
Fishes Wrasses and Parrotfishes Species from the families: Labridae and Scaridae. polygon 376MB
Fishes Marine Fishes (not comprehensive) Species from the above groups which are found in marine habitats. polygon 2.37GB
Freshwater Groups Fishes (not comprehensive) Species from the class Actinopterygii found within freshwater systems. polygon 1.85GB


Seleccioné los polígonos que se intersectan con el de Colombia (incluyendo zonas marinas por silas) y los filtré por la variable presence que fuera igual a 1 (ie, Extant). Al final corté los rangos de distribución con el polígono de Colombia y agrupé las especies por clase taxonómica.

Es decir que quedaron las siguentes categorías:

##                                       
##                                        ACTINOPTERYGII AMPHIBIA CHONDRICHTHYES
##   Extant (breeding)                                 0        0              0
##   Extant (non-breeding)                             1        0              0
##   Extant (resident)                              1332      774            150
##   Extant & Introduced (resident)                    3        2              0
##   Extant & Origin Uncertain (resident)              0        0              0
##   Extant & Vagrant (resident)                       0        0              0
##                                       
##                                        MAMMALIA MYXINI REPTILIA
##   Extant (breeding)                           0      0        1
##   Extant (non-breeding)                       0      0        0
##   Extant (resident)                         533      7      538
##   Extant & Introduced (resident)              1      0        2
##   Extant & Origin Uncertain (resident)        0      0        2
##   Extant & Vagrant (resident)                 1      0        0

Y en total hay estas especies:

## 
## ACTINOPTERYGII       AMPHIBIA CHONDRICHTHYES       MAMMALIA         MYXINI 
##           1336            776            150            535              7 
##       REPTILIA 
##            543

Birdlife

Ayer me llegaron los datos de BirdLife (>3GB). Estos datos los tengo en pausa porque me mandaron un geodatabase (.gdb) y eso es un rollo leerlos con mi versión de R. Toca con ArcGIS o QGIS y la verdad es que no los uso. Igual ya le estoy dando solución.

Areas de estudio

Areas protegidas, Comunidades Negras y Resguardos Indígenas

Del SINAP no me han enviado nada, entonces lo que hice fue usar los datos de protected planet WDPA para Colombia y seleccioné sólo los polígonos de Parques Nacionales Naturales.Estos datos son los que están en el link que nos envió Jose Manuel. Los polígonos están mas bien limpios entonces no hubo mucho que hacer más que validar unas geometrías.


Resultados preliminares

Tengo los mapas de riqueza de especies y números de especies en las áreas de estudio y también por categorìa de IUCN. También tengo para cada especie cuánto de su distribución está en las áreas de estudio (PNN, CN y RI).

Riqueza de spp total

Mapas de riqueza contando todas las especies (excepto aves)…

ACTINOPTERYGII

AMPHIBIA

CHONDRICHTHYES

MAMMALIA

MYXINI

REPTILIA

ALL

Riqueza de spp por grupo

Mapas de riqueza de especies de cada grupo…

ACTINOPTERYGII

CR

EN

VU

NT

LC

DD

AMPHIBIA

CR

EN

VU

NT

LC

DD

CHONDRICHTHYES

CR

EN

VU

NT

LC

DD

MAMMALIA

CR

EN

VU

NT

LC

DD

MYXINI

CR

EN

VU

NT

LC

DD

REPTILIA

CR

EN

VU

NT

LC

DD

Representatividad?

Por otro lado, saqué el area de la distribucion de las spp en Colombia, AP, RI, CN y las proporciones de: 1) el área de la distribución de la especie en Colombia respecto al total de la distribución (para ver endemismos) y 2) el área de la especie dentro de las areas de AP, CN y RI respecto a la distribución de la especie en Colombia.

Ya tengo las tablas pero tengo es que ponerme a explorar los datos y pensar qué tipo de figuras pegan acá. Ideas?

ACTINOPTERYGII

AMPHIBIA

CHONDRICHTHYES

MAMMALIA

MYXINI

REPTILIA

Conclusión

Ya están procesados los datos y algunos resultados ya listos. Falta es darle más a los de representatividad(?), ver bien datos la proporción del rango de distribución de las especues en las areas de estudio y hacer las figuras. También hace falta hacer todo para los datos de las aves e incorporarlos en los resultados.

En fin, hablemos cuando vea esto a ver qué camino le damos.